Желю Желев завършва философия в Софийския държавен университет „Климент Охридски“ през 1958 г., работи активно в Комсомола, приет е за член на БКП през 1960 г. В условията на относителна научна и културна свобода в началото на 1960те години, като редовен аспирант/докторант във Философския факултет на СУ, в края на 1963 г. Желю Желев подготвя статия „Битие и небитие“. В текста си Желев оспорва Лениновото определението за материята и критикува догматизирания марксизъм-ленинизъм. Статията е оценена положително от трима учени, приета е единодушно от секция „Логика“ (около 10 души), одобрена е от катедра „Диалектически и исторически материализъм“ (около 20 души) с две положителни рецензии. Но при обсъждане на сборника „Закони и категории на материалистическата диалектика“, за който е била предвидена, статията е подложена на остра критика. Отложено е публикуването на сборника, критиката е към статията на Ж. Желев, “която не е издържана от маркстистко-ленинско гледище“. (53)
На 27.4.1964 г. Желев се обръща към Първия секретар на ЦК на БКП – Тодор Живков и до Председателя на БАН – акад. Л. Кръстанов с писмо, в което излага случая и моли „чрез Вашата намеса да се осуети опита за разправа над моята статия. Предстои ми защита на кандидатска дисертация и тази статия има пряко итношение към нея.“ (54)
Един месец по-късно, на 27.5.1964 г. получава отговор на жалбата си от акад. Тодор Павлов, почетен председател на БАН, директор на Института по философия, член на Президиума на Народното събрание (1947–1954 и 1962–1971). в което академикът определя жалбата на Желев като „ недопустимо заблуждаване на първия секретар на Партията“, оценява тезите на Желев като „отстъпление от диалектически материализъм към идеалистическата система на Хегел“ и завършва с обръщение към Научния секретариат и Бюро жалби при Първия секретар на БКП да обърне внимание на докторанта „да не си служи занапред с подобни диверии и да не злоупотребява с времето, доверието и добрата воля на Първия секретар на нашата Партия“. (60-62)
Статията на Желю Желев не е публикувана. Заради критиката дисертацията не е допусната до защита. Желев е изключен от Партията (1965 г.) и попада под наблюдението на органите на Държавна сигурност.
Конкретният случай показва, че през първата половина на 1960те години в научните среди, въпреки масираните „чистки“ сред учените-преподаватели от Софийския университет в периода 1944-1956 г., има опити за отстояване на плурализъм и научни дебати. Младият учен Желев (28 годишен) в началото на кариерата си е подкрепян в професионална среда на ниво катедра и факултет да развива иновативни позиции. Същевременно силната централизация на държавните научни институции и наложената строга йерархична структура, позволяват на държавата и БКП чрез отделни личности, в които е концентрирана силна власт, да упражняват всеобхватен контрол. Чрез публична разправа с отделни личности, проявили инакомислие, такива микро-среди на свободомислие се задушават, научните среди се държат в страх и несигурност.
Въпреки кампанията срещу него, започнала в периодичния печат, през лятото на 1965 г. Желев успява да публикува на циклостил основни идеи и части от дисертацията си и да ги разпространи в България и в чужбина (Германия и Югославия), което му спечелва признание във философските среди. Заради критичните публикации на Ж. Желев е отнето софийското жителство и правото да пребивава в София. Семейство Желю и Мария Желеви се установява в с. Грозден, Бургаско (1966–1972).
