Университетът в Благоевград започва своята биография през 1975 година като филиал на Софийския университет "Св. Климент Охридски" с две специалности - Педагогика за подготовка на детски учители и Педагогика за подготовка на начални учители. През 1983 година филиалът е преобразуван в самостоятелен Висш педагогически институт, разкриват се много нови специалности (математика, физика, химия, български език и литература, български език и история и др.) и през 1990 година вече се осъществява обучение на редовни и задочни студенти в пет факултета по десет специалности.
В периода след 1990 г. в съответствие със Закона за академичната автономия, висшето училище в Благоевград започва да се развива с ускорени темпове. Създават се редица нови факултети и специалности. Наред с обучението, финансирано от държавата, се въвежда и платено обучение.
През юли 1995 година с Решение на Народното събрание Висшият педагогически институт - Благоевград се преобразува в Югозападен университет "Неофит Рилски" - Благоевград. През 1997 година Полувисшият институт по машиностроене и електротехника - Благоевград, се преобразува в Технически колеж, който се включва в структурата на Югозападния университет "Неофит Рилски" - Благоевград.
Днес Югозападният университет "Неофит Рилски" предлага обучение на български и английски език в 71 бакалавърски, 100 магистърски програми и 74 докторски програми. Близо 14 000 студенти получават знания в 9 факултета: Правно-исторически, Природо-математически, стопански, Филологически, Философски, „Обществено здраве, здравни грижи и спорт", Педагогика, Факултет по изкуства, Технически факултет.
