След завършване на специалност „История“ към СУ „Климент Охридски“, Бойко Киряков работи като уредник в Националния музей „Рилски манастир“ и като специалист към Комитета за култура. От 1982 г. е назначен към Главно управление на архивите при Министерски съвет. През периода 1987-1995 работи последователно като главен специалист към Софийски университет (1987-1989) и като проучвател към Центъра за демографски изследвания / Институт по демография – БАН (1990-1995), проучвател към Института по история – БАН. От 1997 г. работи отново към Държавна агенция „Архиви“, като в годините 2011-2012 заема позицията заместник-председател.

Като студент по история, Киряков е привлечен в дискусионните кръгове, организирани от иновативно мислещи български историци като Николай Генчев, Александър Фол, Вера Мутафчиева и други. Националният музей „Рилски манастир“, където Б. Киряков започва работа, се превръща в място за срещи на критично мислещи интелектуалци. Заради публично изказани критични мнения и обсъждане на „неудобни факти“ за Втората световна война и репресивния сталински режим, Киряков е изключен от Димитровския комунистически младежки съюз (ДКМС). Киряков става член на първата дисидентска организация в България – Обществения комитет за екологична защита на Русе (виж колекция „Екологични протести срещу обгазяването с хлор на Русе). Б. Киряков се включва и в дейността на „Клуб за подкрепа на гласността и преустройството“, иницииран от философа-дисидент Желю Желев (виж колекция „Желю Желев“). Като участник в т.нар. неформални групи от края на 1980те години, Киряков сътрудничи на самиздат списанията „Глас. Независимо списание за литература и публицистика“ и „Мост. Алманах за експериментална поезия“.

До 1989 г. основна тема в научните изследвания на Б. Киряков са история на българските манастири и история на Възраждането. След политическата промяна, когато се дава достъп на изследователи до архивите на репресивните структури на социалистическата държава, Киряков започва да изследва историята на българската политическа емиграция от социалистическия период. Има публикации по въпросите за периодизация на политическата емиграция, за организации и активности на български политически емигранти; участва в подготовката на изложбата и документалното издание „Десталинизацията – дилемата на едно противоречиво десетилетие (1953-1964)“ (2013). Като изследовател и експерт към Държавна агенция „Архиви“, Киряков развива богата дейност за съхраняването и популяризирането на документи, свързани с опозицията срещу комунистическото управление.